पाकिस्तान द्वारा एयर स्पेस में प्रवेश की अनुमति नहीं दिए जाने के बाद पायलटों ने दिल्ली के आईजीआई हवाई अड्डे पर लौटने पर विचार किया। हालांकि, चूंकि उड़ान पहले से ही तूफानी बादलों के करीब थी, इसलिए पायलटों ने श्रीनगर की ओर जाने का फैसला किया। पाकिस्तान ने इंडिगो की उड़ान 6ई 214 को अपने हवाई क्षेत्र का उपयोग करने की अनुमति देने से इनकार कर दिया। इसके बाद भारतीय वायुसेना (आईएएफ) ने विमान की सुरक्षित लैंडिंग तक उसकी मदद की, यह जानकारी भारतीय वायुसेना के सूत्रों ने समाचार एजेंसी एएनआई को बताया। भारतीय नॉदर्न एरिया कंट्रोल ने तुरंत इंडिगो के पायलट को सलाह दी और दिल्ली कंट्रोल से समन्वय शुरू किया। पायलट को लाहौर कंट्रोल की फ्रीक्वेंसी भी दी गई, ताकि अगर इमरजेंसी अनुमति मिले तो इस्तेमाल की जा सके।
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खराब मौसम के कारण, इंडिगो की फ्लाइट ने अशांति और तूफान से बचने के लिए पाकिस्तानी हवाई क्षेत्र में प्रवेश करने का अनुरोध किया। हालांकि, भारतीय वायु सेना के उत्तरी नियंत्रण और लाहौर एयर ट्रैफिक कंट्रोल दोनों ने अनुरोध को अस्वीकार कर दिया। जब विमान अमृतसर के ऊपर से उड़ान भर रहा था, तब पायलट ने विमान को मौसम के कारण प्रतिकूल स्थिति में पाया और लाहौर हवाई यातायात नियंत्रण (एटीसी) से पाकिस्तान के हवाई क्षेत्र से गुजरने की अनुमति मांगी। पाकिस्तान के हवाई क्षेत्र का उपयोग करने का अनुरोध किया गया लेकिन लाहौर एटीसी ने इसे अस्वीकार कर दिया। अनुमति न मिलने के परिणामस्वरूप विमान को उसी रास्ते पर आगे बढ़ना पड़ा, जहां उसे हवा में तेज झटकों और ओलावृष्टि का सामना करना पड़ा।
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विमानन नियामक नागर विमानन महानिदेशालय (डीजीसीए) ने कहा कि राष्ट्रीय राजधानी से श्रीनगर जा रहे इंडिगो विमान के चालक दल के सदस्यों ने बुधवार को खराब मौसम से बचने के लिए पाकिस्तान हवाई क्षेत्र में प्रवेश का अनुरोध किया था, जिसे अस्वीकार कर दिया गया। घटना के बारे में विस्तृत बयान में डीजीसीए ने कहा कि विमान में सवार किसी भी यात्री को कोई चोट नहीं आई है तथा विमान का आगे का हिस्सा नोज रेडोम क्षतिग्रस्त हो गया है। डीजीसीए विमान के खराब मौसम की चपेट में आने की घटना की जांच कर रहा है। डीजीसीए ने बताया कि चालक दल के बयान के अनुसार उन्होंने मार्ग पर खराब मौसम के कारण वायुसेना के उत्तरी नियंत्रण (आईएएफ) से बाईं ओर (अंतरराष्ट्रीय सीमा) जाने का अनुरोध किया था, हालांकि इसे मंजूरी नहीं दी गई।