जम्मू-कश्मीर के पहलगाम में हुआ आतंकवादी हमला पाकिस्तान की आईएसआई और आतंकवादी समूह लश्कर-ए-तैयबा (एलईटी) द्वारा देश के राजनीतिक और सैन्य नेतृत्व के निर्देश पर एक सुनियोजित साजिश थी। टाइम्स ऑफ इंडिया ने सुरक्षा सूत्रों के हवाले से अपनी रिपोर्ट में कहा है कि इंटर-सर्विसेज इंटेलिजेंस ने पाकिस्तान स्थित लश्कर कमांडर साजिद जट्ट को केवल विदेशी आतंकवादियों को तैनात करने और पूर्ण गोपनीयता सुनिश्चित करने के लिए विशेष निर्देश दिए थे, किसी भी कश्मीरी आतंकवादी को शामिल नहीं किया गया। अखबार के अनुसार, उन्होंने यह भी कहा कि कुछ समय से जम्मू-कश्मीर में सक्रिय लश्कर-ए-तैयबा के विदेशी आतंकवादियों को हत्याओं को अंजाम देने के लिए कहा गया था।
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एक वरिष्ठ अधिकारी ने टाइम्स ऑफ इंडिया को बताया कि किसी स्थानीय आतंकवादी ने इस जघन्य हत्या में भाग नहीं लिया था और न ही उन्हें आतंकी साजिश की सटीक जानकारी थी। प्रतिबंधित लश्कर-ए-तैयबा संगठन के एक छद्म समूह, द रेजिस्टेंस फ्रंट ने पहलगाम हमले की ज़िम्मेदारी ली है। भारतीय एजेंसियों का कहना है कि यह समूह अंतरराष्ट्रीय प्रतिबंधों से बचने के लिए पाकिस्तान द्वारा इस्तेमाल किया जाने वाला एक मुखौटा है। अधिकारियों ने संदिग्ध हमलावरों की पहचान हाशिम मूसा और अली भाई के रूप में की गई है। दोनों पाकिस्तानी नागरिक हैं और स्थानीय कार्यकर्ता आदिल हुसैन थोककर के रूप में की है।
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दो अन्य स्थानीय लोगों परवेज अहमद जोथर और बशीर अहमद जोथर – को आतंकवादियों को कथित तौर पर शरण देने के आरोप में गिरफ्तार किया गया है। इस हमले की जाँच कर रही राष्ट्रीय जाँच एजेंसी ने कहा कि परवेज और बशीर तीनों बंदूकधारियों के आतंकवादी संगठनों से जुड़ाव के बारे में जानते थे और इसके बावजूद, उन्होंने 22 अप्रैल के हमले से पहले के दिनों में उन्हें आश्रय, भोजन और रसद सहायता प्रदान की।